東京六大学野球連盟は、早稲田・慶應義塾・明治・法政・東京・立教の6つの大学で構成される野球リーグです。その歴史は100年にも及び、大正14年（1925年）9月20日の明大対立大第1回戦を連盟創設初試合として現在 に至っています。明治36年（1903年）に第1回の早慶戦が挙行され、（(明治39年から中断）大正3年（1914年）に早慶明の三大学によって初めてリーグ戦を組織して試 合を行うようになりました。こののち大正6年（1917年）法政、大正10年（1921年）に立教が加入しましたが早慶戦は行われない変則な状態が続いていました。しかし大正14年（1925年）、早慶明法立のリーグ戦に秋季から東大が正式に加入し、中断していた早慶戦も19年振りに復活、名実共に充実した六大学リーグ戦が開始されました。

大正15年（1926年）には本連盟の協力のもと、明治神宮野球場が完成、また秋季リーグ戦より東宮杯（摂政杯）がご下賜されました。その後昭和6年（1931年）に工事費 を本連盟が負担し、同球場の拡張工事を行い5万5千人収容の大球場が完成しました。

昭和18年（1943年）第二次世界大戦の影響により文部省から試合禁止を命ぜられ、本連盟は解散することになりました。しかし終戦直後の昭和20年（1945年）10月28日に六大学ＯＢ戦11月18日に明治神宮野球場で全早慶 戦を挙行して、野球復興の先鞭をつけ翌21年（1946年）5月19日から1回戦総当りながら六大学リーグ戦を復活しました。また、秋季からは、天皇杯をご下賜され栄えある最初の天皇杯は優勝校の早大に渡されました。

ところが明治神宮野球場は米軍に接収され、同球場では数試合しか行われない状態が昭和27年（1952年）3月まで続いたが3月31日に講和条約終結とともに同球場も明治神宮に返還され、六大学の春秋リーグ戦は全ての試合が同球場で挙行され、戦前と同様の形態に戻ることになりました。この間、苦難の時期に昭和25年（1950年）の秋季リーグ戦において昭和天皇、皇后両陛下が早慶戦に行幸啓されました。

その後一度の中断もなく現在も明治神宮野球場において春秋のリーグ戦と新人戦をおこなっています。また、平成の時代に入り、平成6年（1994年）春季リーグ戦において当時の天皇、皇后両陛下（現上皇、上皇后両陛下）が早慶戦に行幸啓されました。

このように本連盟は、大学最古のリーグとして大学野球のみならず、日本のアマチュア野球の発展に寄与し、社会人野球やプロ野球の発展にも多くのＯＢが尽力をいたしました。現在、野球殿堂博物館の野球殿堂には、222名中119人（令和7年1月現在）の本連盟関係者が野球界に貢献したということで殿堂入りしています。

平成25年4月1日に当連盟は一般財団法人東京六大学野球連盟として法人登記をおこない、法的根拠のある団体として新たなスタートをきりました。